Το εθνικό σχήμα εμβολιασμών καθορίζεται από το Υπουργείο υγείας και αφορά τα εμβόλια τα οποία χορηγούνται δωρεάν σε όλα παιδιά στα πλαίσια του ΓΕΣΥ από τους παιδιάτρους. Σε αυτό το σχήμα δεν περιλαμβάνονται το εμβόλιο για την μηνιγγίτιδα τύπου Β και το εμβόλιο για τον ροταιό , που σημαίνει πως δεν προσφέρονται δωρεάν από το κράτος. Ωστόσο τα εμβόλια αυτά συστήνονται να γίνονται σε όλα τα βρέφη με βάση τις οδηγίες τις παιδιατρικής εταιρίας Κύπρου .
Προσοχή - για κάποια από τα παρακάτω εμβόλια ο ΟΑΥ έχει καθορίσει ανώτερα ηλικιακά όρια για την δωρεάν χορήγηση. Αυτό σημαίνει πως εάν υπάρξει σημαντική χρονική καθυστέρηση στην χορήγηση τους τότε δεν θα τα δικαιούστε δωρεάν .
2 μηνών - εμβόλιο διφθερίτιδας , τετάνου , κοκκύτη, πολιομυελίτιδας ,
αιμόφιλου Β , ηπατίτιδας Β
3 μηνών – εμβόλιο πνευμονιοκόκκου
4 μηνών – εμβόλιο διφθερίτιδας , τετάνου , κοκκύτη, πολιομυελίτιδας ,
αιμόφιλου Β , ηπατίτιδας Β
5 μηνών – πνευμονιόκοκκος
6 μηνών - εμβόλιο διφθερίτιδας , τετάνου , κοκκύτη, πολιομυελίτιδας ,
αιμόφιλου Β , ηπατίτιδας Β
12 μηνών – εμβόλιο μηνιγγίτιδας τύπου C
12 μηνών – πνευμονιόκοκκος
13 μηνών – εμβόλιο ανεμευλογίας , ιλαράς , ερυθράς , παρωτίτιδας
15 μηνών – εμβόλιο διφθερίτιδας , τετάνου , κοκκύτη, πολιομυελίτιδας
24 μηνών – ηπατίτιδα Α
30 μηνών – ηπατίτιδα Α
4 ετών - εμβόλιο ανεμευλογίας , ιλαράς , ερυθράς , παρωτίτιδας
5 ετών - εμβόλιο διφθερίτιδας , τετάνου , κοκκύτη
11 ετών – εμβόλιο κατά του ιού ανθρωπίνων θηλωμάτων
11 ετών - εμβόλιοδιφθερίτιδας , τετάνου , κοκκύτη